kpidata,
Estimados tengo una aplicación que se conecta con mysql, con una base remota en un hosting
Debes tener en cuenta que el tiempo de la sesion de conexion en los HOSTING son autonomas y no duran mas de 30 segundos,
por lo tanto la instruccion SET SESSION wait_timeout = 86400; no aplica en este caso.
Yo tengo una aplicacion cuya base de datos trabaja en un hosting, y la verdad que 30 segundos ha sido mas que suficiente para
hacer un INSERT, UPDATE, DELETE o un SELECT simple o complejo, incluyendo consultas que usan INNER JOIN / LEFT JOIN, con inclusion de mas de una tabla y con muchos registros.
Ahora si la database reside en un servidor que no es un hosting y el acceso es remoto, para ese caso si funciona esa instruccion,
sin embargo si y solo si para este caso no es recomendable dejar abierta la conexion tanto tiempo.