Hola,
1. una cosa que debes pensar cuando instalas un servidor, es que esperas que este este en producción por varios años, en ese sentido debes de pensar que debes tener un soporte para actualizaciones y correcciones durante un periodo de tiempo razonable.
2. En función de lo que deseas instalar debes pensar en tener un soporte de aplicaciones fuera de las tradicionales de la distribución y facilidad de instalación
Muchas distribuciones tienen programas de soporte para sus productos, RedHat, Debian, Ubunto, Fedora, Slackware... también tienen formatos para sus aplicaciones por ejemplo RPM para Redhat, CentOS , Fedora (ya que son familia)
De lo que te expongo, RedHat, CentOS, Ubunto (Debian) te dan soporte hasta 8 años de actualizaciones y tienen un buen sistema de instalación de aplicaciones.
Fedora es una distribución interesante, pero a mi concepto es el laboratorio de RedHat Enterprise Server que a su vez es base de CentOS, Fedora siempre incorpora muchas novedades, todo lo nuevo y una vez que se consolida esto pasa a las versiones de RedHat y luego a CentOS, por eso las políticas de mantenimiento de Fedora son de un año, eso explica el números de versiones altos 17, 18
Por ello bajo mi apreciación (algo muy personal como esta explicación) yo utilizo CentOS, me inicie con Slackware, pase a RedHat hast la versión 9 luego fui por fedora hasta la versión 3 y termine con CentOS.
De este tema siempre habrá de que hablar, al igual que Sistemas Operativos, Política, Religión y Futbol
saludos
Marcelo